应用中心未来将建成超大规模的基因测序基地，年测序能力达40-50万人次，在南京江北新区建设的国家健康医疗大数据中心及产业园添置了50台基因检测设备，包括全球第一批Novaseq6000和Pac Bio Sequel。项目中还引入了如世和基因、云健康基因等百奥利盟的长期合作伙伴入驻，这些都是一流的基因测序企业。

整个数据库计划将于3-4年内完成，该计划的主要实施内容包含三个维度：从数据安全的维度而言，计划产生的所有数据均集中保存到健康医疗大数据中心，所有权归国家，经国家相关部门授权后由扬子国资投资集团统一管理；从基因组学的维度而言，计划需要建设全基因组测序及数据中心，建立个体表型组学数据库、生物样本库和生物组学数据库，进行全面的分析和挖掘，发现与疾病相关的基因组变异，解析中国人的遗传多样性；从人群队列统计分析的角度而言包括了新生儿、儿童脑与认知发展、恶性肿瘤、慢病、自然人群遗传多样性、以及罕见疾病队列。

国家健康医疗大数据(南京)中心还分别与复旦大学、南京医科大学、北京协和医院签订战略框架协议，以“百万人群基因组计划”对接国家队列，率先启动自然人、新生儿和罕见病三大队列的基因测序项目。